Большой международной группе ученых их Китая, Дании, Великобритании, Германии, Франции и Саудовской Аравии удалось секвенировать геном 238 бактерий, обитающих в кишечнике человека. 75% видов оказались новыми. По словам авторов, вполне возможно, что их исследование поможет в лечении сахарного диабета 2-го типа, астмы и ожирения.
Исследования последних нескольких лет перевернули традиционные представления и микробиоте кишечника. Действительно, как объясняют авторы, понимание функций бактерий намного расширилось – они стали считаться важными игроками в развитии различных серьезных заболеваний. Связь была также обнаружена с составом бактерий кишечника и работой иммунной системы, работой головного мозга.
Правда, на настоящий момент определено всего 15% бактерий, населяющих кишечник.
Сложность определения этих микроорганизмов состоит в том, что многие из них не растут в культуре. А именно на выращивании в культуре и основаны многие методы определения их видовой принадлежности. До настоящего времени для определения состава микробиоты использовался подход, когда секвенировался геном бактерий и сравнивался с базой данных уже известных микроорганизмов. Поэтому геном бактерий, которые не могли вырастить в культуре, было просто невозможно определить.
Новый же подход, который был разработан авторами нынешнего исследования, предполагает больше количественный анализ.
«Используя этот подход, теперь можно определять и вносить в базу данных геном неизвестных раньше микроорганизмов даже в очень сложно организованных микробных сообществах», - говорит один из авторов исследования профессор Сорен Брунак (Søren Brunak) из Копенгагенского университета.
Как объясняют ученые, важно еще и понимать, как функционирует этот микробиом и какие отношения складываются между микроорганизмами. С этими знаниями возможен новый подход к лечению многих заболеваний.
«Идеальным подходом было бы добавлять или уничтожать особые бактерии, обитающие в кишечнике для того, чтобы стимулировать развитие здоровой микрофлоры», - говорит профессор Брунак.
Особенно это важно в связи с реальной угрозой роста устойчивости бактерий к антибиотикам.
«Первоначально проводились эксперименты над тем, как использовать бактерии и вирусы для борьбы со многими болезнями, но антимикробные препараты оказались значительно эффективнее при лечении многих инфекционных заболеваний. Если мы точно будем знать особенности взаимоотношений микробиоты, тогда вирусы могут стать надежной и сильной альтернативой этим препаратам. Это особенно важно сейчас, когда мы можем определить и описать намного больше бактерий и вирусов и их взаимоотношений», - говорит один из авторов исследования профессор Хенрик Бьерн Нильсен (Henrik Bjørn Nielsen) из Копенгагенского университета.
Статья с описанием микробиома кишечника и взаимоотношений между бактериями и вирусами опубликована в последнем номере журнала Nature Biotechnology.
