Систему диагностики коронавируса ОТ-ПЦР назвали не отвечающей научным требованиям и работающей на коммерческие и карьерные интересы своих авторов. Обвинение серьезное, но справедливое ли?
В декабре 2020 года российские ученые зафиксировали первый известный в мире случай заражения сразу двумя штаммами коронавируса SARS-CoV-2. Интересно, что оба вируса жили в одних и тех же клетках, чего не бывает, скажем, при гриппе. Сенсация? Безусловно. Но какова ей цена? Не есть ли это просто сбой теста? У такой точки зрения есть серьезные сторонники.
ПЦР и его противники
Правильная и своевременная диагностика является непременным условием излечения от заболевания – в этом плане коронавирус нового типа covid-19 не привнес ничего нового. С весны 2020 года основным методом его диагностики является тест ОТ-ПЦР – полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией в реальном времени, основанный на ядерных технологиях метод выявления присутствия определенного генетического материала любого патогена, в том числе вируса. Методика эта была опубликована в журнале Eurosurveillance («Евронаблюдение») 22 января 2020 года. Между подачей материала на публикацию и его принятием прошло 24 часа – немыслимо мало для научных изданий, но ожидание первого достоверного теста было слишком велико.
Что ж, похоже, независимые исследователи прочли этот протокол внимательнее, чем редакция. К концу того же 2020 года 22 ученых из разных стран мира составили внушительный список претензий к протоколу и отправили в журнал требование отозвать публикацию, а заодно предложили вообще перестать использовать «тесты Дростена» (основной автор оригинальной статьи) из-за недостоверности их результатов.
Отечественные ковид-диссиденты опубликовали перевод этих претензий под звонким научным названием «ПЦР тест Дростена – полное фуфло!» – предоставляем читателю самому судить, можно ли доверять таким переводчикам (хотя и серьезные ученые порой не чуждаются площадной брани, Энгельс и Ленин вообще по-детски обзывались на своих оппонентов).
Кроме того, они ссылаются не на оригинал статьи, а на обновленный протокол RT-qPCR, и не дают ссылки на оригинал критических замечаний.
Но поскольку тема более чем серьезная, перечислим 10 основных претензий критиков к новому протоколу всемирно известного теста.
Критические тезисы
- В протоколе используются чрезвычайно высокие концентрации праймеров (коротких фрагментов нуклеиновой кислоты, комплементарных объекту поиска), но причина этого никак не объяснена. В результате копии продуктов ПЦР накапливаются, что мешает точной идентификации вируса SARS-CoV-2.
- Не все пары праймеров однозначно определены в статье – шесть положений не истолкованы, между тем они могут привести к созданию последовательностей, не предусмотренных авторами. В результате возможны ложноположительные результаты.
- Тест ищет вирусные фрагменты, но не вирусы, поскольку практически во всех испытательных процедурах анализируется лишь два совпадения праймеров вместо трех, поскольку, по словам авторов, «анализ N-гена также показал хорошие результаты, но не подвергался дальнейшей интенсивной проверке, поскольку был немного менее чувствителен». Эта формулировка принята и ВОЗ, но именно благодаря недостаточности теста он может реагировать на остаточные фрагменты разрушенного вируса у выздоровевшего или бессимптомно перенесшего инфекцию человека.
- 10°C – такова разница температуры отжига (при ней праймер начинает или заканчивает взаимодействовать с целевой последовательностью) в первой паре праймеров (RdRp_SARSr_F и RdRp_SARSr_R): это делает невозможным объективный анализ, ведь при какой температуре его ни проводи, хотя бы для одного из праймеров она будет неподходящей.
- Не указано пороговое значение Ct – количества циклов ПЦР, при после которых образец однозначно считается положительным или отрицательным. Между тем это важный параметр, при превышении которого резко растет число ложных срабатываний. ВОЗ рекомендует для этого теста значение Ct 45, что существенно выше разумных Ct 30.
- Тест, как говорилось выше, амплифицирует (создает копии) участков РНК, но нигде не указано, что на молекулярном уровне проведено исследование, подтвердившее, что эти копии – гены SARS-CoV-2. Учитывая указанные выше недостатки, в этом есть серьезные сомнения.
- Несомненно, тест ПЦР находит какие-то вирусы или их фрагменты. Но в нем нет механизмов контроля – ни положительного, доказывающего, что это именно SARS-CoV-2, ни отрицательного, исключающего возможность того, что перед нами другие коронавирусы. С учетом предыдущего недостатка можно сказать, что этот тест ищет просто коронавирусы, а не конкретный, вызвавший пандемию и обрушивший мировую экономику. И ведь действительно, на типовых бланках исследования в России честно пишут «Выполнено с применением реагентов для выявления РНК коронавирусов SARS-CoV-2 и подобных SARS-CoV». Но господа, это совершенно разные вирусы, вызывающие разные заболевания!
- Протокол исследования на молекулярном уровне должен быть предельно четок, не допускать ни неясностей, ни ложных толкований. Между тем многие формулировки в оспариваемой статье весьма расплывчаты, и если следовать им буквально, можно сильно отклониться в сторону. Хорошие специалисты говорят то же самое, что и имеют в виду, здесь же, по мнению критиков, о мыслях авторов порой приходится только догадываться.
- Критики полагают, что статья не рецензировалась – слишком мал промежуток между ее препринтом и публикацией. «По крайней мере два эксперта в данной области должны критически прочитать и прокомментировать представленный документ» – напоминают ПЦР-скептики. Удивительно, что для анализа столь сложного документа этим воображаемым экспертам потребовались всего сутки.
- Откуда же такое доверие к выводам господина Кристиана Дростена? Может быть, потому что он и сам, равно как и его соавтор Шанталь Рейскен входят в редколлегию Eurosurveillance? Кроме того, еще два автора, Ольферт Ландт и Марко Кайзер входят в руководство компании TIB-Molbiol, которая распространяла наборы для ПЦР даже до публикации статьи – понятно, что они были заинтересованы в легитимизации своего метода.
* * *
Чтобы оценить эту критику, нужно быть глубоким специалистом в области тестирования на вирусы. «Специалистов» этих у нас в 2020 году откуда-то появились миллионы, присоединяться к ним не хочется, поэтому просим воспринимать сказанное выше просто как материал для размышлений. Выводы оставляем за читателем.
